Habitada em permanência já em 1560, foi a sua ermida construída cerca de 1618, por decisão testamenteira dos pais do Pe Diogo Matos da Silveira. Cedo afamada pelos seus vinhos e frutas, em 1625 já devia despertar alguma cobiça porquanto, nesse ano, foi atacada sendo alguns dos seus habitantes levados cativos.

Apesar de ter sido construído um reduto fortificado voltou a ser alvo de piratas, em 1686, que demolindo as defesas levantadas se dirigiram à ermida e arrombando a porta apoderaram-se do que lá havia, despedaçando a imagem de São João.
Arrasada pelo Mandado de Deus e parcialmente destruída pelo Sismo de 1980, hoje continua a ser fonte de cobiça pelos seus vinhos, figos e café.
A 24 de Junho e 8 de Setembro esta fajã está em festa, respectivamente em honra do seu padroeiro e de Nossa Senhora da Guia.