Destruída a primitiva igreja pelo Mandado de Deus, foi promovida a sua reconstrução pelo P.e Matias Pereira de Sousa, sendo as obras efectuadas sob a direcção de José d'Avellar de Mello, concluídas em 1761. No seu adro foram sepultadas, em duas valas comuns, 84 vítimas do Mandado de Deus.